Давно искал способ как это реализовать и, почему-то никак не находил, но вчера снова обратился к гуглу с этим вопросом и набрел на плагин vlc-pause-click-plugin, судя по названию совсем не очевидно, что это то что мне было нужно, но на самом деле модуль весьма функционален и к тому же есть в AUR`е. Может кому пригодится.