На винде работает прекрасно. Для Линукса есть только AppImage. При запуске он запускается будто в какой-то виртуальной среде (значок «Х» в окне и менюшка — их нет в виндовой версии приложения, и они никак не относятся к программе). При этом трафик через себя не пропускает и конечно же вся система остается без ВПН.

Собственно вопрос: что нужно настроить? Как вариант, если все же проблема с этим клиентом, то какой (гуишный, желательно) шадоусокс можете посоветовать, чтобы легко можно быть настроить (вставить ссылку ss:// типа) и дальше через панель задач или даже прямо в соединениях одним кликом подключаться (а еще лучше с возможностью настроить какой софт использует ВПН, т.к. сама программа начинает фильтровать весь трафик, и даже локальные подключения для файловых менеджеров блочит).