Какой программой создать резервную копию системы со всеми настройками на случай слета системы?

У меня, почти свежеустановленная система при бэкапе rsync'ом заняла 11.2 Gb.

FS Archiver — пользую уже много лет, полет отличный. При параметрах архива lzma-best — копия занимает 3,2 гб. Существует GUI — qt4-fsarchiver и qt5-fsarchiver, правда qt5-fsarchiver из AUR убрали, но работает, собрал давненько — работает… и ладненько
archlinux.org/packages/extra/x86_64/fsarchiver/

Пользую TimeShift. Несколько раз уже выручал.
Вместо CD-ROM установлен еще оди HDD, туда и бекаплюсь…
В вашем случае, если раздел /home отделный, и большой…, бекаптесь в него.
Вынужден признать, что вероятность неполадок после обновления много выше, чем вероятность выхода из сторя HDD.
Для начала — это гуд, а после, сами все поймете.

Совет идеологически не верен, но практически правилен.

P.S.
Исключите из бекапа кеш скачанных пакетов. Это уменьшит его размер.

 qt4-fsarchiver отлично работает, никогда не подводила, но перед бэкапом, перезагрузись, что бы быть уверенным, что все загружается и работает стабильно. У меня qt5-fsarchiver по каким то причинам не устанавливается, либо попросту не работает. По объему памяти, например у меня общий объем b.u. на сегодня составляет 18.6гб. Для востановления использую Tux Comss LiveCD