Какую файловую систему использует Manjaro?

какую выберешь при установке, такую и использует. у меня / в ext3, а /home в ext4
вопрос, если честно, немного не понятен.

В целом она может использовать любую файловую систему, главное чтобы ее поддержка была включена в используемое/стоковое ядро, т.е. зависит от того как разбили диск во время установки и как отформатировали разделы — Manjaro, как и любой другой линукс, не ограничивается одной только ext*.

По умолчанию (и скорее всего в вашем случае тоже) используется ext4.

Просмотреть что и как у вас отформатировано можно командой: lsblk -f

На любой, у меня стоит на F2FS на диске SSD.