COOL=46
MIDDLE=71
INTERVAL=5

STATUS_STOP='-1 0'
STATUS_MID='-1 1'
STATUS_RUN='-1 2'

STOP='sudo i8kfan - 0'
START='sudo i8kfan - 1'
RUN='sudo i8kfan - 2'

while true
do
  STATUS=`i8kfan`
  TEMP=`i8kctl temp`
  
  if (( $TEMP < $COOL )) && [ "$STATUS" != "$STATUS_STOP" ]
    then $STOP
  elif (( $TEMP > $COOL )) && (( $TEMP < $MIDDLE )) && [ "$STATUS" != "$STATUS_MID" ]
    then $START
  elif (( $TEMP >= $MIDDLE )) && [ "$STATUS" != "$STATUS_RUN" ]
    then $RUN
  fi
  sleep $INTERVAL
done

Так что лучше будет создать в корне пустую папку специально на этот случай, обозвать ее например /yaourt_tmp и указать в конфиге /etc/yaourtrc: TMPDIR="/yaourt_tmp" В этом случае ограничения на место не будет. Если после работы в ней останутся хвосты, можно спокойно чистить эту папку хоть вручную, хоть скриптом при шотдауне.