Обновление в pacman. Ошибка: повторяющаяся запись в базе данных.

а нужно было лишь не сносить выделенный на отдельный раздел хомяк (у Вас же всё именно так, надеюсь:-)). grub легко чинится по этой статье с поправками в 6м шаге,

update-grub

вместо

grub2-update

и

install-grub

вместо

grub2-install

установка manjaro поверх manjaro категорически запрещена, и я, чесно говоря, не знаю и не хочу выяснять почему. на Вашем месте, я бы сохранил важные данные на внешний носитель, загрузился с liveusb, gparted'ом снёс все разделы и ставил начисто.
важно! винда, если нужна, ИМХО ненужна, ставится первой, чтобы не возникало проблем с mbp.
важно! (2) если после установки manjaro возникло желание воткнуть ещё один дистибутив, не отбирайте груб у manjaro, это приводит к панике ядра. ставите дистр, не ставите загрузчик, потом в manjaro выполняете

# update-grub

он подхватывает все установленные ОС