pacman: как дочистить систему после смены Desktop Environment ?

какой командой можно посмотреть, с чем они идут в комплекте (группа/метапакет), чтобы указав его, удалить и их?

pacman -Rscn xfce4 xfce4-goodies

Эта команда и удаляет группы xfce4 и xfce4-goodies.
Ну т.е. если я правильно понял твою задачу — то ты этой командой и получил то, чего хотел — удалил xfce

galculator, catfish, etc

galculator и catfish не относятся к xfce

какой командой можно посмотреть, с чем они идут в комплекте (группа/метапакет),

Посмотреть к какой группе относится пакет: pacman -Qi <имя_пакета>. Только для catfish и galculator группы не определены.

Да и хотелось бы без лишних заморочек привести систему в заводское состояние.

«Заводское» состояние в твоём случае — это же как раз XFCE, т.е. ты уже делаешь скорее тюнинг и совсем уж

без лишних заморочек

думаю тут не получится, всё равно нужно будет ковырять вручную много пакетов. Если хочется GNOME, на мой взгляд логичнее по-быстрому поставить GNOME edition да и всё.

Судя по wiki, galculator и catfish не входят ни в xfce4 ни в xfce4-goodies. Скорее всего эти «лишние» программы установлены ребятами из manjaro для сборки XFCE. Как вариант, можно взять список пакетов со свежей манджаро gnome и такой же с manjaro xfce. и на основе сравнения этих списков нужные пакеты доустановить, а ненужные поудалять.
Самое сложное — найти эти самые списки, (вот тут я хз где их взять) а дальше:
сравниваем списки с xfce и gnome с помощью встроенной команды diff, и переносим все найденные отличия с со значком ">" в файл ~/install.txt (diff выводит различия в файлах и отмечает ">" то, что было добавлено и значком "<" то, что было из него убрано)
самое главное — не забудьте перед такимим веселыми манипуляциями сделать бэкап. timeshift в помощь)

diff xfcelist.txt gnomelist.txt | grep ">" | sed -e 's/>\ //' > ~/install.txt

то же самое, но со значком "<"

diff xfcelist.txt gnomelist.txt | grep "<" | sed -e 's/<\ //' > ~/remove.txt

теперь удаляем все пакеты, которые попали в список на удаление:

sudo pacman -Rscn < ~/remove.txt

и устанавливаем все те, которые попали в список на установку:

sudo pacman -S - < ~/install.txt --needed

Понятное дело, что это у вас могут быть установлены пакеты из AUR, но там уж нужно смотреть сюда. или воспользоваться для установки\удаления пакетов «yay».

Можете проделать то же самое, только сравнив свой набор пакетов и набор пакетов с гнома. свой список пакетов можно получить:

sudo pacman -Q | awk '{print $1}' > ~/mylist.txt

самое главное — не забудьте перед такимим веселыми манипуляциями сделать бэкап. timeshift в помощь)